Każdej fakturze ustrukturyzowanej zostanie nadany numer KSef. Unikalny numer KSeF faktury będzie składał się z aż 32 znaków i będzie również widoczny w Jednolitym Pliku Kontrolnym (JPK). KseF ma zlikwidować konieczność przesyłania plików JPK_FA do urzędów skarbowych.